30/10/2018

La Fondation Toulouse Cancer Santé, l’Inserm e l’institut de Recherche Pierre Fabre istituiscono la prima cattedra di bioinformatica oncologica per la ricerca in immuno-oncologia all’oncopole di Tolosa

La Fondation Toulouse Cancer Santé è una fondazione per la ricerca sul cancro riconosciuta come di pubblica utilità dal 5 maggio 2006

Il Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT) è un’unità di ricerca mista (Inserm e Università di Tolosa III Paul Sabatier) composta da 20 équipe di cui 4 certificate dal CNRS

L’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) è un ospedale con oltre 300 posti letto dedicato esclusivamente ai pazienti in oncologia, che associa il centro ospedaliero universitario di Tolosa e l’Institut Claudius Regaud (Centro di Lotta Contro il Cancro)

I Laboratoires Pierre Fabre, storici partner dell’Oncopole di Tolosa, hanno fatto dell’oncologia il primo asse di ricerca e sviluppo nel campo farmaceutico

 

Tolosa (Francia), Castres (Francia), 2 ottobre 2018 – La Fondation Toulouse Cancer Santé, l’Inserm e l’Institut de Recherche Pierre Fabre, attori di primo piano del campus dell’Oncopole di Tolosa, creano la prima cattedra di bioinformatica oncologica per la ricerca in immuno-oncologia. Titolare della cattedra sarà Vera Pancaldi, ricercatrice specializzata in biologia dei sistemi, che ha iniziato il suo incarico all’Inserm il 3 settembre 2018 presso il Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT). Al di là della nuova iniziativa, la strategia globale dell’Inserm al CRCT, dell’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) e di Pierre Fabre consiste nel rafforzamento delle partnership tra pubblico e privato in campo oncologico.

Co-costruzione accademica e industriale

La creazione della cattedra bioinformatica in oncologia associa per cinque anni la Fondation Toulouse Cancer Santé, l’Inserm et l’Institut de Recherche Pierre Fabre (IRPF) in un progetto congiunto di costruzione accademica e industriale nell’ambito della ricerca in immuno-oncologia e medicina traslazionale presso l’Oncopole di Tolosa.

Secondo il protocollo d’intesa e la convenzione della cattedra, l’Institut de Recherche Pierre Fabre e la Fondation Toulouse Cancer Santé investiranno 1 milione di euro a testa in cinque anni (200.000 € all’anno). La cattedra sarà integrata ai team del CRCT nell’edificio Inserm presso l’Oncopole, che si occuperà delle dotazioni tecniche e contribuirà al progetto con 335.000 €.

Sarà diretta da un comitato scientifico tripartito che si riunirà almeno una volta all’anno e sarà composto da due membri dell’IRPF, due membri per l’Inserm e due membri designati dalla Fondation Toulouse Cancer Santé.

Una collaborazione incentrata sulla bioinformatica

 La cattedra sarà affidata a Vera Pancaldi, ricercatrice in bioinformatica e biologia dei sistemi dal profilo internazionale e innovativo. La sua attuale ricerca, condotta presso il dipartimento di Life Science nel Computational Biology Group del Barcelona Supercomputing Center (BSC), si concentra sull’eterogeneità cellulare e sull’architettura 3D del genoma.

Una cattedra che afferma la volontà di poter contare sulle competenze di una vera esperta in bioinformatica affinché il CRCT possa diventare un centro leader nel data management in oncologia. La prima missione di Vera Pancaldi sarà quella di formare un team di cinque specialisti in bioinformatica (livello Master e PhD) al fine di costituire un vivaio di talenti in questa disciplina in piena espansione.

La ricercatrice ricoprirà inoltre un ruolo chiave nella dinamica della partnership in quanto sarà al centro degli scambi tra CRCT, IUCT-Oncopole e IRPF. Vera Pancaldi avrà dunque accesso alle dotazioni tecnologiche del CRCT, in particolare alle strumentazioni bioinformatiche necessarie alla sua ricerca e ai dati dei pazienti raccolti dai medici dell’ospedale. Inoltre, lavorerà a stretto contatto con gli specialisti di bioinformatica di Pierre Fabre.

L’ambizione è, grazie a questa cattedra dall’approccio molto concreto, di poter accelerare il ritmo di sviluppo di nuovi farmaci nella direzione di una medicina personalizzata. Il CRCT e l’IUCT-Oncopole favoriscono a tal fine due aree di collaborazione: la raccolta e l’analisi dei dati per facilitare la scelta terapeutica e l’elaborazione di stringhe di dati per i progetti interni, nonché l’identificazione di nuovi geni che saranno in futuro biomarcatori o bersagli terapeutici.

Un fattore di attrattività nelle dinamiche della partnership

Con la cattedra si parteciperà inoltre attivamente alla vita scientifica, alle pubblicazioni e all’affermazione del CRCT e si contribuirà a fare del campus di Tolosa un’eccellenza riconosciuta a livello internazionale per attirare talenti di tutto il mondo.

In qualità di titolare della cattedra, il contributo di Vera Pancaldi sarà duplice.

Innanzitutto, continuerà la sua collaborazione con il dipartimento di Life Science del Barcelona Supercomputing Center (BSC), costruito attorno al “Mare Nostrum”, uno dei supercomputer più potenti d’Europa. L’approccio Big Data è un punto forte del BSC. In futuro, la sfida consisterà nello sfruttare nuovi approcci di deep learning e d’Intelligenza Artificiale (IA) con informatici e matematici del sito di Tolosa.

Inoltre, darà un nuovo impulso alle dinamiche di network del sito di Tolosa. È infatti da Tolosa che, d’ora in poi, Vera Pancaldi gestirà l’innovativo Cambridge Network Networks, una “rete di network” che ha co-fondato nel settembre 2011 e che riunisce oggi una comunità di 400 persone interessate dallo studio dei network.

Queste risorse contribuiranno allo sviluppo di un intero ecosistema e di un vivaio di talenti attorno alla nuova cattedra presso il campus dell’Oncopole di Tolosa. In tal senso, l’arrivo di Vera Pancaldi non è che un primo passo nella collaborazione di Pierre Fabre con le strutture accademiche e private dell’Oncopole: l’obiettivo nel futuro è accelerare le partnership industriali in uno spirito di open innovation.

“Sfruttare i Big Data in un partenariato tra pubblico e privato”

Alexandre Passioukov, Direttore del dipartimento di Medicina Traslazionale, Pierre Fabre R&S

“L’esplorazione dei Big Data costituisce oggi una fonte d’innovazione biomedica che non può essere ignorata, né dal mondo accademico né da quello farmaceutico. L’ambizioso progetto proposto da Vera Pancaldi, esperta nel campo della bioinformatica, presenta chiare sinergie con le nostre attività di ricerca e sviluppo in ambito oncologico. L’identificazione dei marcatori di risposta e la scoperta di nuovi bersagli terapeutici, infatti, passa sistematicamente dall’analisi di enormi quantità di dati “omici” in relazione alla resistenza alle terapie esistenti. Siamo quindi lieti di lanciare questo progetto quinquennale con il CRCT e la Fondation Toulouse Cancer Santé, un progetto a cui seguiranno altre iniziative di collaborazione nel quadro della strategia di partenariati Pierre Fabre all’interno dell’Oncopole di Tolosa”.  

“Un’analisi delle masse di dati sempre più precisa”

Gilles Favre, Direttore scientifico e Direttore del Laboratorio di Biologia Medica Oncologica presso l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole), Direttore del Cancéropôle Grand Sud-Ouest, Direttore del Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT) (UMR Inserm / Università di Tolosa III Paul Sabatier e ERL CNRS)

“Con l’esplosione dei Big Data genomici in oncologia, Vera Pancaldi dota il CRCT di una nuova tecnicità nell’analisi di grandi quantità di dati. Abbiamo 22.000 geni e siamo in grado di sequenziarli tutti. Siamo anche in grado di conoscere l’espressione di questi geni. Il risultato sono decine di migliaia di messaggi trasmessi dalle nostre piattaforme che generano una quantità impressionante di dati. Nella sua ricerca, Vera Pancaldi trarrà beneficio dalle analisi del CRCT sul genoma a cellula singola e sul trascrittoma della cellula singola. Metteremo a sua disposizione il nostro laboratorio reale (Wet-Lab) per la raccolta e l’analisi di cellule e biologia molecolare, e il nostro laboratorio virtuale (Dry-Lab) per l’archiviazione e la gestione dei dati dei computer. Il suo lavoro la porterà a collaborare con informatici e matematici del sito di Tolosa per andare più avanti nella realizzazione di algoritmi di apprendimento automatico (deep learning, IA)”.

“Rafforzare la visibilità e l’apertura al mondo economico”

François Amalric, Direttore generale della Fondation Toulouse Cancer Santé

“Per la Fondation Toulouse Cancer Santé, la creazione della cattedra è già di per sé un successo  con l’arrivo di un’esperta di dati riconosciuta a livello internazionale  nell’ottica di rendere il sito di Tolosa un centro di eccellenza. La sfida consiste nell’accrescere le competenze in bioinformatica al fine di sviluppare nuove partnership con l’industria. La cattedra porterà visibilità ai nostri progetti di ricerca e una maggiore apertura al mondo economico”. 

“Focalizzare la mia ricerca sull’eterogeneità del tumore”

Vera Pancaldi, titolare della cattedra di bioinformatica oncologica

Oltre ad avanzate competenze in bioinformatica, Vera Pancaldi colpisce per il suo profilo internazionale e la sua adattabilità alle sfide attuali nel campo della ricerca immuno-oncologica. Dopo un dottorato in fisica dei sistemi complessi, ha iniziato a lavorare sulla genomica funzionale del lievito presso il laboratorio del professor Bähler, al Wellcome Trust Sanger Institute e al University College London, in Inghilterra. “Pensavo non esistessero sistemi più complessi degli organismi viventi”, spiega. Ha poi proseguito la ricerca con un post-dottorato in epigenetica delle piante nel team del professor Baulcombe, all’Università di Cambridge. Sei anni fa, ha deciso di intraprendere una nuova avventura nel campo della ricerca sul cancro per confrontarsi con la sfida della medicina personalizzata. Ha ottenuto una borsa di studio FEBS per entrare a far parte del “Structural Biology and Bio-computing Group” al Centro Nazionale per la Ricerca sul Cancro (CNIO) di Madrid, in Spagna. “Ho intrapreso ricerche sulla modellizzazione matematica della crescita tumorale a partire da dati molecolari. Inoltre, ho iniziato a partecipare attivamente a BLUEPRINT, il progetto europeo di ricerca sull’epigenoma che mira a caratterizzare l’epigenoma di diverse cellule del sangue in soggetti sani”. Questa esperienza l’ha portata, lo scorso anno, al suo attuale incarico di ricercatrice nel Computational Biology Group del dipartimento di Life Science presso il Barcelona Supercomputing Center (BSC), dove svolge attività di ricerca sull’eterogeneità cellulare e sull’architettura 3D del genoma. Vera Pancaldi continuerà a collaborare con il BSC e parteciperà inoltre al programma Bioinfo4Women. Il suo precedente lavoro di ricerca sui sistemi complessi e sull’epigenetica è stato riconosciuto e accolto con favore dalla comunità scientifica.

Dal 3 settembre 2018, Vera Pancaldi è titolare della prestigiosa cattedra di bioinformatica oncologica creata dalla Fondation Toulouse Cancer Santé, dall’Inserm e dall’IRPF. “Concentrerò la ricerca sull’eterogeneità del tumore simulando l’evoluzione del tumore nel suo microambiente. La sfida consiste anche nel capire in che modo il sistema immunitario interagisca con il tumore”. A questo riguardo, Vera Pancaldi collaborerà con Pierre Cordelier, direttore della ricerca presso l’Inserm e team leader al CRCT, già impegnato nella ricerca pionieristica mirata a caratterizzare tumori pancreatici a livello della singola cellula, in particolare sulla mobilitazione di una risposta immunitaria a questi tumori che rimangono un grave problema di salute pubblica a causa della loro elevata resistenza ai trattamenti attuali. “Le tecnologie avanzate del CRCT rendono possibile l’analisi dei diversi fenomeni attraverso lo studio del tumore a livello della singola cellula”.

E conclude: “Questo nuovo incarico mi permetterà inoltre di sviluppare ulteriori collaborazioni con i membri del CRCT ma anche di sviluppare esternamente la rete di collaborazione pubblico-privato del centro nell’ambito delle terapie mirate”.